到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制。
一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营。每营兵员3000人。这是南方明军的营哨编制，北方稍有变动，但大体相当，戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，人数也在3000人左右。这是明朝中后期的主要军队编制形式。
明朝后期，卫所军和营哨军的分工也开始划分，卫所军主要负责驻守，治安，训练新兵和屯田。
而营哨军则主要负责机动作战。
因此，卫所军成了正兵，而营哨则是机动的奇兵。
到了万历时代，为了契合这种分工，卫所军若想参战，则必须编入营哨建制，同时，卫所的军官只负责士兵训练和日常管理，不负责指挥作战，而营哨军官除了要负责士兵的训练，还要负责指挥。
编入营哨的卫所军官的编制也要遵守营哨的编制，因此明朝中后期的主要作战部队都是营哨军。
无论是募兵，征兵，还是卫所制度，并无优劣先进落后之分，而是应对不同的情况而采取不同的管理措施。各有各的优势和缺陷，卫所