制的优点是在生产力遭到破坏，社会产出弱时，卫所制度可以有效的节省军费开支，能够保证军队自给自足，并减轻百姓的负担。但缺陷是，一方面，卫所军除了要作战还要分出部分兵员去从事屯田任务保证军粮补给，于是，卫所军中区分了守军和屯军，其中守军是作战力量，屯军负责团体。
相比募兵，同数量的卫所兵能够提供的作战力量有限，另一方面，由于卫所军世袭，一旦和平时间较长，军队中容易老少掺杂，战斗力容易下降。
如果军官侵占了国家供给军队的屯田，士兵则会沦为军事长官的私人农奴，这样导致守军数量更少，战斗力也就很难保证。
卫所制度的设计，和唐朝的府兵制度类似。用于在社会生产没有恢复时，作为维持大量武装需求的制度。
而募兵的优点是，招募士兵的兵员可以有更多的选择余地，不一定非得从军户中招募，如果招募很多优秀的兵员，经过训练，选拔，可以形成一支精锐的力量。
募兵的来源多来与民籍，损失后可以很快补充。
另外，募兵不用像卫所军那样需要从事屯田任务，因此募兵可以算是脱产士兵，这就决定，募兵可以在同数额下，动员比卫所军更多的战斗兵员，同时薪水