本不能象陈以勤那样时时考查学生课业，他又是那种以才略自负的人，不屑于求教于他人，因此他基本上是处于自学的状态之中。也正是这种自我求索的过程，使得他对正统的理学和时下流行的阳明心学都有涉猎而又都有自己的思考和见解，比如对于朱熹大儒的“性即理”的观点就不甚赞同，他认为理在事中，舍弃了具体之事，欲求义理便是空谈；对于宋代儒家主张的“君子好义，小人逐利”这样把“义”和“利”对立起来的观点，他也认为是“不识义利，不辨公私”，主张“义者利之和”的观点；对于阳明心学一大要旨“致良知”的观点，他也不敢苟同，认为“天下之理无穷”，而非“存乎于心而不假外求之道德本源”，虽圣人也是“其学不已，其进不止”。所有这些思考心得，都可以概括为一条：“务实之学”，主张“救时”，“致用”，为学应该“验之以行事，研之以深思”。
在这样的主导思想下，他认为眼下国朝吏治败坏，财政危急，武备松弛，确已到了皇上所说的“已近土崩鱼烂之势，若再不改良便要改朝换代”那样的危难之时，嘉靖新政各项改革措施虽在具体方略上或有可容商榷之处，但其立意及要旨皆是对的，那等迂腐书生所说的新政“改祖宗之成法”即便没错，但也是因为祖宗之成