兵、咸宁侯仇鸾开城请降，并以新政“乱祖宗之成法，变春秋之大义”为借口，打着“清君侧，正王道”的旗帜，宣布起兵靖难。朝廷决议坚守京城，一边实行“坚壁清野”之策，疏散京畿百姓；一边招募义勇乡民，加紧整军备战，并传檄天下，调集漕军及山东、河南各省卫所军进京勤王。
九月，鞑靼虏贼及大同叛军兵发三路，一路绕过宣府、洪州堡，攻破居庸关以西的白羊口后，直逼北京；一路两万人从古北口、密云出发；俺答与仇鸾亲率主力，攻破紫荆关，向北京进发。沿途各卫所关隘虽奋起抗击，死战不退，却因积弊导致武备松弛，兵不耐战，终致蒙古大军长驱直入，一路杀至京师，数十万百姓或丧生敌手，或被掠为奴隶，或流亡异乡，山西、河北局势一片糜烂。
九月二十八日，鞑靼三路大军相继攻至北京近郊，京师告急，嘉靖帝朱厚熜宣布京师戒严，分派文武大臣分守九门。
九月三十日，嘉靖帝朱厚熜御驾亲征，率军二十二万列阵于京城九门之外，并命关闭城门，意欲鞑靼虏贼决战于城下。
十月三日，鞑靼虏贼进抵京师。明军与之于京师九门之外鏖战数仗，初时明军仰仗火器之利，连番大败敌寇于彰仪门、德胜门。后因连日秋雨，明军火