煦叛乱和武宗平定宁王朱宸濠叛乱之例，亲率大军御驾亲征，以天威临之，一举荡平谋逆叛军。诸位朝臣闻言大惊，皆以北边不靖，京师未安，王驾不可轻出九重为由，俯阙痛哭，百般劝阻，朱厚熜遂收回成命，同意委派亲信大将代帝出征，诸臣咸安。
鉴于平叛先机已失，此战又关乎大明国运兴衰、社稷存亡，经朝廷重臣集议，确定了稳扎稳打、文武并举的战略方针：一方面，诏告天下，严词斥责江南藩王宗亲及勋贵大臣辜负浩荡天恩，当此社稷危倾之际，不思报效家国，反称兵构乱，图危宗社，获罪天地祖宗，义不容赦。并传檄四方，号令各省府州县牧民之官恪守臣职，督率治下军卒乡勇保境安民；各地官军百姓谨守律法，不得附逆助乱。另一方面，按照营团军成功经验，将各省卫所军打乱编制，并于难民之中招募精壮，统一组建禁军，加紧操练，待诸事准备周全之后，择吉日祭告宗庙后拜将出征。
为儆效尤，朝臣一致建议依照国朝律法，将此前已自裁谢罪的薛林义、陈以勤二位逆臣贼子首级传示九边，参与薛、陈谋逆叛乱的所有勋贵官吏及其家中成年男丁一律枭首示众，这些逆党和仇鸾家中女眷发边军女营充为营妓，未成年男丁及家中仆役发买为奴。以内阁学士严嵩领衔上奏的