奏疏呈送大内，朱厚熜犹豫了许久，才提起朱笔批上了血红的两个大字——“照准”。
江南发生如此巨变，朝廷此前与鞑靼虏贼议和便是当然之举。曾经上疏弹劾严嵩力阻和议的清流官员们惴惴不安，纷纷上疏请罪。为安抚人心，稳定朝局，朱厚熜特下恩旨，嘉许众人忠勇谋国之心，并秉承太祖高皇帝“无心为过，虽过不罚”之训，宽恕了他们攻讦大臣、扰乱视听的罪责，只对个别言辞过于激烈，奏疏上还有捕风捉影的内容的言官给予罚俸数月的薄惩。那些妄言国政、围攻严嵩府邸的国子监监生们因殴打朝廷命官，触犯了国朝律法，被褫夺功名，贬为庶民；为首的监生海瑞被发往营团军充为奴兵。同时，为了安抚前段时日一直忍气吞声承担骂名的严嵩父子，朱厚熜手书“有容乃大”四字中堂一副，加盖宝印赐于严嵩。
对于那些自江南逃回的文武官员，朱厚熜也特下恩旨，不但赦免了他们失城弃职之罪，还恩准他们依原职支领俸禄如常，令其上疏自陈在江南“沦陷”之后的功过，经都察院甄别之后，由吏部择其贤能之士委任新职，充补六部九司和新组建的禁军。为防止混入江南逆党派来的奸细，每人需找三名在京官员具保。
无恩不足以服天下，无威不足以摄民心。朱