天皇颁发勘合，“诏日本十年一贡，人止二百，船止二艘，不得携军器，违者以寇论”；另一方面派军围剿骚扰海疆的倭寇，取得了望海埚大捷，倭乱由此渐渐平息。
到了嘉靖年间，由于朝政浊乱，武备废弛，海防力量受到极大削弱，而当时的日本正陷入战火纷飞的战国时代，各战国大名为谋求暴利，争相胁迫天皇出具勘合，遣使入贡明朝，引发了“争贡之役”。明朝震怒，却错误地认为倭患起于市舶，罢撤宁波市舶司，中止日本朝贡贸易。日本商人断了财路，转而在中国海上与海盗、奸商勾结，从事武装走私活动，并在中国沿海烧杀抢掠。因与中国的走私贸易获利很大，一些战国大名、土豪、寺院也暗中支持手下武士、强盗参与其中，倭寇侵扰日渐频繁，使中国沿海数省百姓深受其害，苦不堪言。
不过，来华贸易的倭人也并非全是海盗。事实上，在为祸海疆的倭寇之中，“真倭甚少，不过数十人为前锋。”其中很大一部分，是中国的海商、海盗。
明朝的海盗与通常意义上的海盗有所不同，由于明朝政府厉行海禁，残酷打击海上贸易，一些海商为了生存和发展，不得不武装起来，组成武装海商集团，以对抗官军的追捕和残杀，因此被称之为“寇”。而这些所谓的海