越来越沉重起来：一是所到之处满目创痍，流民四野，皇上不得不责令自供给前方的军粮之中拨出一部分用以赈济难民，无论是户部、军需供应总署还是刚刚恢复起来的各省府州县牧民之官都觉得压力很大，更担忧经过此番战乱，昔日富庶天下的江南诸省百业凋敝，三五年间断然无法恢复生机；二是叛军主力撤回江南，沿江布防，势必为王师“百万雄师过大江”平添了许多困难；三是卧榻之旁，岂容他人酣睡，叛军主力回撤江南，势必对俞大猷统帅的江南游击军加紧围剿，那支只有万人的偏师能支撑几时，会否有全军覆没之险，实在令人堪忧啊！
朱厚熜忧心如焚，手书“打过长江去，收复全江南”颁赐平叛军，催促进兵；戚继光及营团军诸位将士更是挂念俞大猷等人的安危，多次请令乘胜渡江，一举荡平江南逆贼。正副帅张茂、陈世昌和监军吕芳却顾虑缺乏足够船只，又逢秋汛时节，长江浪大江深，水宽逾十里，无法泅渡，冒死联名上奏朝廷，请准圣旨将全军留驻长江北岸休整补充，一方面等待漕军将全部漕船调到江南集中，另一方面四处搜集官船民船，并发动兵士伐木扎筏，一俟运力充足或秋汛结束，便大举渡江，征讨逆贼。
正如朱厚熜和戚继光等人担忧的那样，俞大猷统帅的江