江、湖广，与福建、广东两省卫所军联合扫荡，江南已无大的战事。他们就按照原定的方略，由陈世昌和吕芳率左军留驻南京处理善后及安抚百姓诸事；张茂率中军、右军和后军回师淮扬，围歼目前仍盘踞在中都凤阳的前凤庐总兵，被伪明朝廷特加五军都督府右副都督衔委为靖难军副帅的李明博所部。
兵败徐州，李明博知道自己一定会被南都把持朝政的勋臣贵戚当成替罪羊，不敢回撤江南，而是收容残部逃回了老窝凤阳。平叛军没有把他们区区几万人放在眼里，大军渡过淮河之后，只留下右军一部监视、牵制凤阳、淮安之敌，主力一路南下，直取南京。这一战略部署，与当年明成祖朱棣起兵靖难如出一辙，果然收取全功。
大军压境，战不能战，守不能守，李明博见大势已去，遂于嘉靖二十四年十二月初八自缚请降。至此，这场持续一年有余、席卷南直隶、浙江、湖广等江南一京三省，并波及北直隶、福建、广东、广西、贵州、四川、山东、河南等一京七省的叛乱终于宣告平定。
早已等的迫不及待的礼部和司礼监奏请皇上，将午门献俘大典的日子定在了嘉靖二十五年元日。三法司连夜突击审讯，将参与江南叛乱的逆臣论罪定谳，二品以上大员分别处以灭三族、灭一族