、凌迟、诛戮、弃市等刑，罪员家属和其他中低级官员、军将杖责之后远戍边外。
报至御前，朱厚熜首先勾去了指派弟子作法厌胜帮助叛军守城的龙虎山张真人的名字，批曰：“方外之人，涉足红尘已是不祥。不祥之人自有天谴，天既谴之，朕就不谴了。”
接着，又勾去了前益王府长史、伪明朝廷挂礼部尚书衔翰林院掌院学士史梦泽，批曰：“秀才造反，三年不成；迂腐书生，空谈误国。惟其有才，朕不忍伤国朝斯文元气，姑且容之，到国子监教书去。”
赦免了宗教界和学林著名人士之后，就在要将公本发还内阁拟票施行的前一刻，朱厚熜又灵机一动，将所有人的名字全部勾去，批曰：“谋逆倡乱，罪不容诛。然上天有好生之德，姑且留其性命，迁徙其族与藩王宗亲一并远适海外。若三代无有作奸犯科者，赦其还乡，归葬故里。”
谋逆之人不能明正典刑以儆效尤，令朝臣颇有微词，但生不得适其国，死不得入祖坟，也算是很重的惩罚了，他们也不好指责皇上滥施天恩。
嘉靖二十五年元日，筹备许久的午门献俘大典如期举行，平叛军主帅、太师英国公张茂率军，押着一队队的俘虏从前门经千步廊、承天门、端门至午门，沿途禁军森