南下平定江南叛乱，伪明政权的江防军大部临阵倒戈，朝廷调往江南用于攻克叛军长江防线的船只损失微乎其微。说起来，这些船只从建造而始，就是为了海战及远洋贸易之用，只因江南叛乱，才沿京杭大运河调到长江前线。朱厚熜随即下旨，命兵部抽调江防军、漕军各一部组建一支用于御寇备倭和远洋作战水师，驻守宁波、海州、台州，并钦定名为“东海舰队”，擢升营团军副指挥使戚继光为正三品舰队提督。其时，因戚继光在渡江战役中身负重伤，暂不能到任理事，将原江防军右军指挥使汪宗瀚调任东海舰队副提督，暂署提督事，负责选择锚地、安营扎寨及组建舰队诸事。
汪宗瀚便是那位临阵倒戈的江防军中军巡防船队统领，由于他率部战场起义，将南京伪明政权苦心经营的长江防线撕开了一个大口子，朝廷平叛大军百万雄师得以顺利横渡长江；接着，他又在同样举事反正的江防军左军指挥使何勇的指挥下，率投诚的中军所部战船从江面封锁南京，以巨大的威慑力迫使南京伪明政权开城投降，朝廷得以兵不血刃地收复南都。战后叙功，汪宗瀚位在一等，只因依照国朝规制，有开边拓土之功者才能封侯，平定江南叛乱显然不在此列，他才未能封侯，被授予重建的江防军右军指挥使一职。