朝的“以文统武”这一根本的建军思想。也正因如此，朱厚熜才一直犹豫不决。
明太祖朱元璋兴兵开国之时，因临阵易帅导致大将谢再兴投敌，于洪武初年将前元枢密院改为大都督府，节制中外诸军事；后来担心大都督府事权太重，于洪武十三年又将大都督府拆分为中、左、右、前、后五军都督府，各领所属都指挥使司和卫所，并将军权分置诸多衙门，互相配合却也互为擎肘，自此，简称“五府”的五军都督府便与兵部成了一对相互牵制的冤家，比如说军队配备调动等军令及军官升迁罢黜之权在兵部，兵部却无权指挥军队；五军都督府虽掌军籍、军政，统御一十七个省府都指挥使司、京卫指挥使司和三百二十九个卫、六十五个守御千户所，于名义上掌管全国军马，平日却并不直接统率军队，朝廷有事，都督府长官凭诏书和兵部调兵命令，奉令出为将军总兵官，召集各卫所军队，指挥作战，事定便将军队归还朝廷，再按各自来路分驻各卫所。此外，各地不但有文官出身的总督、巡抚掌管、指挥辖区所有军队，各军之中还有御史、给事中甚至太监出任监军，掌控全军、监视统兵将帅。这样的作法使得明军上上下下将不知兵，兵不识将，虽能避免各级统军将帅挟兵自用，重蹈唐代藩镇割据、不尊朝廷号令之