祸，却大大地损害了军队的战力。永乐年间，明成祖朱棣为北征蒙古诸部，在京师设立南北大营，以将将兵，平日操练与战时指挥合二为一，算是想出了一条权宜之计，却未能从根本上解决这个问题，南北大营也是设了又罢，罢了又设，折腾了一百多年仍未消停，直至朱厚熜借着抗击鞑靼入侵和平定江南叛乱，抽调各地卫所军的精锐之师，辅之以招募大批流亡百姓从征入伍，在京师组建了禁军，才稍微缓解了这个矛盾。
但是，以文统武的观念根深蒂固，绝非组建一支禁军所能改易的，朱厚熜轻易也不敢去捅这个马蜂窝。因此，总参谋部到底该由五军都督府掌管，还是该由兵部掌管，便成为一个让他十分头疼的问题——照他原来的想法，象总参谋部这样的军事指挥机关，应该划由五军都督府掌管；明军总参谋长也应该由一位职业军人而非文官出任。可是，军令由兵部掌管，总参谋部若不能调动、指挥军队，还叫什么总参谋部？