更成了皇上的机要秘书。朱厚熜经常就各项军国政务征询他们的意见，还明确要求他们畅所欲言。因此，高拱也并不矫情地以自己不敢在朝廷人事安排上随意置喙为理由逊谢，回答道：“回皇上，臣以为营团军监军杨博可堪当此大任。”
这个建议也甚为适当。杨博在就任营团军监军之前，便是兵部职方司正五品郎中，国朝青年文官之中，论军事素养，大概没有人能与他相提并论；加之高拱奉旨南下主持闽粤两省废弛海禁开办海市之后，他接任营团军监军，在平定江南叛乱之战中与戚继光密切配合，力劈徐州坚城，打开了全军南下的通道，其后又挥军强渡长江，为王师不战而下南京立下了汗马功劳，显示出了卓越的指挥才能和协调能力，由他出任明军总参谋长确实最为合适。
朱厚熜沉吟着说：“杨博的确是总参谋长的上佳人选。他是嘉靖八年的进士，曾在兵部任职近十年，历任职方司主事、员外郎和郎中，在平叛之役中又有大功，升侍郎资历也够了。若是李阁老、曾部堂没有异议，这事大致就这么定了。”
略微停顿了一下，朱厚熜又说：“设置总参谋部一事关于我大明整军备武之大计，非同小可，你该与李阁老、曾部堂并有司官员仔细商议酌定，拿出详细的章程出来