北京保卫战和江南平叛，你们还看不出来明朝卫所屯田制的弊端吗？朕借口江南叛乱，好不容易才组建起了这么一支全员全训的常备军，如今刚刚有了点成效，你们又要让朕把他们打回原形，继续去做那穿着军装的农民！他当即将户部尚书马宪成召进宫中，劈头盖脸骂了一顿，什么 “书生之见”、“颟顸误国”之类的话都骂了出来，还斩钉截铁地说禁军不但不能撤裁，还要根据国防的需要进行扩充。
可是，马宪成素来强项，竟跟皇上吵了起来，甚至公然说出“纵是今年熬过去，日后又该如何？一旦粮饷不济，禁军在京畿重地闹粮闹饷，皇上即便是将微臣押赴东市、抄家灭族，却不知能否抚慰弹压得住那帮乱兵？”这样的不臣之言，让朱厚熜气得不行。
好在朱厚熜尽管生气，却也没有乱了分寸，发过脾气之后就跟马宪成开始算帐：一是各地卫所军缺编很多，待全国兵马整编之后，户部可按各地卫所实际兵员核拨军饷；二是对于那些缺编很多却又不甚紧要的卫所，兵部将予以撤裁，卫所原有的军屯田地九十六万三千七百多顷，半数收归官用或发卖，即有四十八万一千九百顷，由户部按制征赋；三是半数军屯田地将用于优抚安置退伍或被裁汰的军官兵士，执行赋银和税粮折半征收的优抚