文皇帝的天位，将都城迁到了自己的“龙兴之地”北平之后，出于对祖宗的尊重，仍把南京定为留都，至少在名份上，保留了南京特殊的政治地位。除了内阁之外的一整套政府班底，如宗人府、五军都督府、六部、都察院、通政司、大理寺、翰林院、国子监等等，凡是北京有的，南京也是一样都不缺。
中国古代的都城，通常都会采取方形规制，将宫城设置于中部偏北的旧制。唯独明初修建的南京城，既要占据钟山的“龙头之前”的风水宝地，又要军事防御的现实需要防守，便依照周边山水之势筑城，把建康故城、南唐金陵古城、石头城和历代作为州府治所修建的几座小城都囊括在内，作为外廓城。所以，南京城从内到外辐射，分为宫城、皇城、京城、外廓城四层，可谓集历代城池之大成，整座城市也呈南北长、东西窄的不规则形状。同样，南京的宫城也位于城东的正阳门内。
始建于明朝洪武初年的宫城，南北长里，东西长里，呈四方形。宫城之内，以承天门为界，门以北便是紫禁城。穿过端门、午门走进去，迎面依次耸立着“奉天”、“谨身”、“华盖”三座大殿。东西两侧分别是“文华殿”和“武英殿”，以及附属的“文楼”和“武楼”，这是皇帝接受文武百官朝觐和举行大典的