年，以这样的资历，仍在当一个七品县令，在全国一千三百多个县份之中，只怕是绝无仅有了！杨博也是这一科的进士，如今已位居兵部左堂、明军总参谋长，不出意外的话，日后纵然不能入阁拜相，正二品的尚书那是绝对手拿把攥、可以写保票的。即便抛开杨博这样一朝君臣风云际会、立时平步青云的特例不说，但凡科甲正途出身的进士，哪怕只是熬资历，二十一年熬下来，在朝少说能混到六部诸司员外郎；在地方少说能混到知府，都是正四品的职衔。孙嘉新却至今仍是一个七品县令，两相比较，悬殊未免太大了。
个中原由，高拱发现了症结所在：嘉靖十八年，一意玄修、妄求成仙的皇上听信劭元节、陶仲文等妖道蛊惑，打算将皇位传于只有九岁的太子，已擢升为浙江曹州从五品知州的孙嘉新愤然上疏劝谏，因此触怒皇上，被削职为民。直到三年后的嘉靖二十一年，皇上幡然悔悟尽改前非之后，他当年会试中式的房师、吏部左侍郎徐阶才趁着京察的机会，给他平了反。因事涉皇上颜面和声誉，又与自己有师生之谊，徐阶不好升他的官，就以原职衔起复，调任浙江台州任从五品知州。越二年，因新政之争，诸多藩王宗亲、勋臣贵戚谋逆倡乱，江南数省蜂起影从，许多忠心于朝廷的官员不愿参与谋逆，