纷纷挂冠而去，逃回北方。孙嘉新虽拒绝在时任浙江巡抚的逆臣郭万象上呈伪明朝廷监国、逆益朱厚烨的劝进表上签名，却仍留在台州，继续升衙理事，同时操练乡勇，结寨保境，抗拒各地乱兵入境扰民。比之那些挂冠而去的官员，孙嘉新此举虽说是保全了治下百姓免遭兵火涂炭，却等若是首鼠两端，为臣不忠，依律要以从逆之罪严惩重处。幸好朝廷迅速平定了叛乱，皇上为安抚国朝赋税重地江南诸省，并收揽天下士心，对参与谋逆的官绅士子都从宽处置；台州十万百姓也上万民书，为他求情，徐阶便再次从中为他斡旋，免了他的抄家之祸、牢狱之灾，连降四级，贬到广东一个县里做正八品的县丞，嘉靖二十六年才按例升为诸暨知县……