手下虽然只有四万人马，但清廷正是用人之际，必然会对自己网开一面。因为这四万多人马里还有吴三桂的两万人马，也只有自己才能指挥得了，而且现在自己和吴三桂己经连成了一气，清廷想要对抗南京，就必须联合吴三桂，一但治罪自己，势必会和吴三桂发生决裂，清廷不会不考虑这个因素，因此耿仲明也自信，清廷是断断不会在这个时候处置自己的。
因此阿济格的大军到达许州之后，耿仲明丝毫也没有一点怀疑，大开许州的城门，迎接阿济格的大军入城。结果阿济格入城之后，立刻下令，将耿仲明拿下，因为耿仲明没有做一点防备，因此毫无反抗之力，就在许州里，被淸军抓住。一同被抓的还有儿子耿继茂，部将石明雄、宋国辅、潘孝、陈绍宗等人，还有川军的主将马宝等众，共计二十三人。
虽然耿仲明的部下，还有川军闻迅之后，想要反抗清军，但这时阿济格部的十万大军都己入城，军威压迫之下，耿仲明部也不敢轻易反抗，同时阿济格还向全军宣称，这一次直追究耿仲明以及主要部将的责任，对于中下层军官，以及士兵只要是愿意服从自己的指挥，都将不予追究，并且保证他们粮饷供应，一应待遇，都与其他士兵一样，由其是对川军，阿济格也保证，打完仗之后，可以让