他们自行回川。而且阿济格也不是光说不做，只要是表示听命于自己的士兵，立刻发给白银二两，做安家费用。
二两白银最然不算多，但也够一般人家二三个月的生活费了，而且现在的形势也十分清楚，耿仲明部的主将都己被抓，军队没有指挥，反抗只是死路一道，另外耿仲明也不是什么爱兵如子的人，他的部下也不会为他拼自己的命，川军则更不会为耿仲明送死，反正当兵打仗就是为了图军饷口粮，跟着谁不是跟着呢，因此耿仲明部的士兵也都表示愿意听从阿济格的命令。
于是阿济格立刻下令，将耿仲明部的士兵进行重新整编，分散到清军的各军中去，同时又命人将抓获的耿仲明等人送到开封去，交给多尔衮处置。
耿仲明这时才真的害怕，赶忙想方设法，向多尔衮救饶，在从许州到开封的路上，一连向多尔衮连上了三道疏表，请多尔衮饶自己一命。
那知多尔衮根本就不理他，一到开封，多尔衮就下令，除了几名川将遣回四川之外，将耿仲眀及其部众全部斩首，以警告全军，再有作战不利者，就和耿仲明是同样的下场。
其实在开封也不是所有人都赞同杀耿仲眀，洪承畴就主张，先将耿仲明收押下狱，等战事结束，或是明朗之后，