全未能料到的，也是为他不高兴的。洪秀全没有兑现自己的诺言，没有马上封石达开为义王。
洪秀全囿于群臣推举，才同意改封石达开为“义王”。石达开见状，怕自己步了东王后尘，坚持不接受“义王”，仍称翼王。
洪秀全也不再坚持，反而要将军权抓在手里，宣布自兼军师，所谓“主是朕做，军师也是联做”，集决策和行政大权于一身。
但石达开在天京，以自己的行为，安定人心，逐渐淡化和消除天京内讧带来的负面因素。太平天国是马上争天下的，在无日不战的大江南北几个战场，石达开又以高明的以守为攻的战略方针，重振军威，强化了拱卫天京的句容、溧水和镇江等卫星城镇的防御，特别是积极支持陈玉成、李秀成在两淮团结、联络十万捻军主力部队，使他们接受太平天国领导和封爵，联合作战。
石达开的声望日渐超过了天王洪秀全。洪秀全又寝食难安了，毕竟石达开全家被屠杀，洪秀全是有责任的。洪秀全便以他从古史中所学到的帝王学权术，开始挖石达开的墙角。
洪秀全在天国中枢的天王府，增设了掌率，并取消了六官二十四个正副丞相，改为天王府主持吏户礼兵刑工等六部的六个侯爵级丞相，他把亲信尽量超擢