天京城破之后，曾国荃原先规定，每个营六成兵员冲杀，四成兵员守营，但破城之后，湘军兵员都争先恐后进城去抢掠财物，就连军营里的长夫、雇工等勤杂人役也跟去捞外快，整个兵营为之一空。以致城中向外载送的，都是车水马龙，装运或肩负的都是财帛和女人。除了曾纪泽派刘铭传的淮军特别保护起来的天王府，天京其他王府、馆衙，都被洗劫一空。
大巷战过后，曾纪泽派淮军维持城内的秩序，只许湘军劫财，不许杀人。南京城被洪秀全等人洗劫十余年，有钱的老百姓很少。有钱人家大多是跟长毛有关系的，曾纪泽觉得湘军抢掠他们并不冤枉，他们的钱财也是搜刮老百姓得来的。
当天夜里，城里多处起火。城陷这天，李秀成见湘军打开太平门缺口，冲上了城内龙广山，又见吴如孝统兵来挡，挡不住，败退下来，李秀成遂带了洪秀全的兰妃和幼天王洪天贵等人，以及忠王府的家眷，独自率领自己的一千多最后精锐人马，想由激战尚弱的北门冲出。
此时，黄文金、杨辅清和洪仁玕等天国有头面人物在湖州。湖州及其周边的广德、四安、孝丰、安吉等城镇，有来自江苏、浙江各地的十几万太平军将士。太平天国坚守湖州，是为在江西的李世贤等部来日援京