取代以前的太宰府，但保留太宰府的官职。
武藤资赖后来进入九州，出仕第二任镇西奉行，同时还住进了太宰府，出任“太宰少贰”之职，领有九州筑前国守护职位，成为了少贰氏第一代家督，可以说是代表幕府管理九州的最高统帅。
宗家的第一代当主宗重尚，就是在少贰氏的支持下，一步步走上对马国守护代之位的。
武藤资赖死后，他的子孙一直担任镇西奉行之位，而因为有着“太宰少贰”的官职，就改为少贰氏。
少贰氏最辉煌之时，也就是当年元朝两次攻打扶桑之后，因少贰氏在抵御蒙军时出力颇多，战功卓著，第三代家督少贰经资，做了西海道的筑前、肥前、丰前、对马、壹岐五国守护，权重一时。
然而好景不长，少贰经资与弟弟少贰景资不合，加上幕府官员从中作祟，少贰氏内乱。
先是少贰景资被杀，后是少贰经资兵败自杀，少贰氏势力大减，失去四国守护之职，只剩下筑前国守护，由少贰经资之子担任。
而原先的镇西奉行之位，被改为镇西探题，其头目也不再是少贰氏。
几十年后，镰仓幕府灭亡，取而代之的是由足利尊氏开创的室町幕府。
此时的