据《清太宗实录》记载，明军被杀得尸横遍野，自杏山沿海至塔山的海面漂满了明军的尸首。松锦一战，关系着明、清双方的生死存亡。自此以后，明朝势力更衰，败局已定。次年六月，鳌拜升为护军统领，成为八旗将领中具有较高地位的人物。
后来闯王李自成领兵攻入北京城，崇祯吊死。吴三桂因刘宗敏强占了自己的爱妾陈圆圆而引清兵入关。
入关以后，鳌拜主要的任务是追击农民军。顺治元年(1644)十月，鳌拜随靖远大将军英亲王阿济格取道陕北，进攻已经退守西安的李自成农民军，率军由内蒙入陕北，攻陷四城，降三十八城，随即挥师南下。后来多铎率军攻进潼关，直逼西安。李自成被迫放弃西安，退往湖广。阿济格奉旨率军剿除“流寇余孽”，鳌拜等遂分翼出师，水陆并进，于河南邓州和湖北承天、德安、武昌等地前后十三战，重创大顺军。顺治二年(1645)六月，李自成于湖北九宫山大败，从此再无音讯，大顺军土崩瓦解。
鳌拜打垮李自成后，清军开始对付大西军。顺治三年(1646)正月，鳌拜又随肃亲王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。两军相遇，鳌