们开始称其為「先生」，军官们称他為「亲爱的老哲学家」、「我们的捕蝇人」。
小猎犬号再次起航，沿岸南下，在阿布罗柳斯群岛附近测量后，抵达里约热内卢。家人给他来信，他得知姐姐夏洛特嫁给了一位教区牧师，从前的女友范妮也於3月嫁给了一个有钱人。
达尔文為范妮而感慨哀伤，投入了内陆之旅。其中一位旅伴是奴隶主，虽然他对达尔文很友好，但準备拆散30个奴隶家庭，将他们拍卖，这种行為让达尔文又一次义愤填膺。
他来到博它福古，上岸时发现由於海浪，自己的书籍、仪器和枪械全被泡在水裡，只好花了一天时间来处理。
小猎犬号去巴伊亚核查经度去了，几个星期没有音信，达尔文滞留当地忙於捕捉猎物、製作标本，晚上则给亨斯洛、福克斯等人写信。
当小猎犬号再次归航，船上装起了新大炮，包括马斯特斯在内的三名船员染病死去，麦考密克也辞职归国。参加了恶战号军舰上的礼拜。
小猎犬号离开热带地区继续向南，驶进拉普拉塔海湾，次日达尔文在蒙得维的亚登陆。他将在远郊搜集的一些甲虫製成标本，一些寄回家中，最重要的一些寄给了亨斯洛。
小猎犬号驶离拉普拉塔，以观测海