了很多处罚官吏的法令。官吏犯法，不是像西周那样享有特权，即「刑不上大夫」，而是加重处罚。
秦始皇的严酷法律引起了士人的不满，各种指责纷纷而来，不同於秦始皇法家的种种学说不绝於耳。由於当时社会上百家争鸣，严重的阻碍了秦始皇对征服的原六国民众思想的统一。
丞相李斯认为这威胁到了秦朝的统治，主张严厉镇压这些士人，秦始皇支持李斯的看法，并发动了焚书坑儒事件：
所谓「焚书」，就是秦始皇为了统一原六国人民的思想和巩固秦朝的统治，开始销毁除《秦记》之外的其他六国的史书，保留关於农业、技术、卜筮和医药的书籍。
除了博士官所职，天下敢私藏诗、书、百家语的人，都命令守、尉将其藏书烧掉。有敢偶语《诗》《书》者弃市，以古非今者族。如果官吏知情隐瞒不报，也和藏书的人同等治罪（《史记.秦始皇本纪》）。这一政策从前213年一直执行到前206年秦朝灭亡。
但某些人认为，秦始皇曾下令将一些禁书保存於皇家图书馆，直到西楚霸王项羽攻破咸阳后纵火，这些书籍才彻底消失。
始皇三十五年（前212年），徐福入海求仙，费以巨万计，终不得药。始皇心里已感到受骗，於