是命令御史案问诸生，互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。这就是着名的「坑儒」。
某些人认为秦始皇坑杀的乃是「术士」，并不是儒生，但根据《史记秦始皇本纪》记载秦始皇坑杀的人「皆诵法孔子」。
而且《史记儒林列传》中也说秦始皇坑杀诸生之后，六艺从此缺失。
据《史记》记载，公元前211年（秦始皇三十六年）的一年之内，连续发生三件怪事。
首先是当年出现「荧惑守心」的天文现象，古人把「火星」称作「荧惑」，二十八宿中的「心宿」简称为「心」，「心宿」就是现代天文学的「天蝎座」，而荧惑守心的出现则被称为大凶之兆，轻者天子要失位，严重的情况就是皇帝驾崩。
同年有一块陨石在东郡地区（今河南省濮阳市）坠落，其间有人在陨石上刻上「始皇帝死而地分」七字，传入秦始皇耳中。秦始皇大怒，下令御史前去挨家查问，但没有人认罪，於是把居住在那块石头周围的人全部抓来杀了，并焚毁了那块陨石。
这次事件让秦始皇心情不快，故此他让博士作了一首《仙真人诗》，等到巡行天下时，走到一处就传令乐师弹奏唱歌。
同年秋天，有一位使者从关东走夜路