种情况之下司马元显依旧十分**，导致朝政非常的混乱。他看到国库空虚之后便开始向百姓大肆的收敛财物，为人十分的骄奢，在政事上也对小人偏听偏信。
后来司马元显开始和桓玄对战，为了加强自己的实力他投靠了刘牢之，可是不久之后刘牢之却归顺了桓玄，司马元显只能落得个战败的下场，在一段时间之后和他的几个儿子同时被杀死，这个时候的司马元显只有二十一岁。
桓玄篡位称帝，建国桓楚。刘裕同北府旧将何无忌、刘毅举兵，收复建康，桓玄挟晋安帝西撤江陵。而后桓玄又率军东下，被刘毅击败，最后桓玄逃往蜀地，途中被冯迁所杀。
刘裕掌控朝廷，刘裕消灭了若干异己后，为了名正言顺称帝，先后发动两次北伐。当时南燕慕容超屡屡入侵，刘裕率军伐南燕。于次年攻破南燕都城广固，擒杀慕容超，南燕亡。刘裕再度北伐，连克许昌、洛阳，来年刘裕兵分两路围攻关中，最后攻破长安，后秦亡。
但于该年冬天，留守京师的刘穆之突然去世，为免朝廷生变，刘裕不得不亲返。他命令幼子刘义真同王镇恶、沈田子等诸将防守长安，后来诸将内哄，夏主赫连勃勃率军攻击。
刘裕命刘义真等将领率军东归，遭夏军追击，元气大伤，至