帅府军拥有的战船基本上可以划分为海上作战船只、内河作战船和江海兼用战船只三大类，其中有海鹘、楼船、艨艟、鱽鱼船、海船、多桨船、多桨飞江船、赤马、白鹞、千石船、戈船、马船、海鳅船等等名目的战船，还有些车船、无底船、火船等特种船只。同样这些船因为用途不同，结构也不同，并不是都可以用来改造成龟船。
赵昺先将具有特殊用途的船只排出在外，接着便是那些千石船和海船，由于在南宋后期水战形式生了变化，交战各方都注重船只的高大化，以便与搭载更多的兵员和增加冲撞能力。但体量太大使船只的机动性下降和度降低。而他们面临的战斗是以琼州为基地展开攻防，龟船是以突袭为主要作战方式，机动性强却是必须的，因而只能舍弃这些大型战船。几经筛选，赵昺手头上只剩下三种备选船只：
其一是艨艟。其以生牛皮覆背，两厢开擎棹空，左右前后有弩窗矛穴，使敌不得近，矢石不能攻，务于疾，乘人之不及，度快。可以看出此中战船与龟船型制最为相似，背上有牛皮制成的‘装甲’，以桨橹为动力，四面有箭窗用于攻击。且度快，以突袭为主要作战方式。但由于强调船机动性，艨艟多是采用造型小巧的战船，载重量有限；
另一种是