军器监兼右司，兼太子右谕德，行国子司业兼左司。轮对时，马廷鸾说：“集和平之福者，自陛下之身始，养和平之德者，自陛下之心始。”便兼翰林权直擢秘书少监，升权直学士院。
景定四年，擢起居舍人，兼太子右庶子、兼国史院编修官、实录院检讨官。入奏时，他大胆提出：“太史必当谨书灾巽，愿陛下翕受敷施，以壮人才之精神 ，虚心容纳，以植人言之骨干，念帮本而以公灭私，严边备而思 患预防。”这时朝廷又启用董宋臣为相，马廷鸾引何郯之说以进，极言董宋臣不可用，帝从之。
咸淳元年度宗即位，闰五月进马廷鸾为端明殿学士，签书枢密院事兼同提举编修《经武要略》。咸淳三年进同知枢密院事，咸淳四年兼权参加政事。咸淳五年，马廷鸾进参知政事兼同知枢密院事，同年三月，进右丞相兼枢密使，从此进入国家中枢。但又与贾似道不合，被罢右相，转任地方。赵显继位后，诏其回朝不至，自罢职归家……
“造化弄人啊！”赵昺听完后叹道，这马廷鸾勤政爱民，秉性正直，从地方官直至宰相高位。惜南宋朝廷为权奸把握，不能尽展其才华。度宗朝奸臣贾似道、丁大全当国把持朝政，视为异见，受其压制，迫于内忧外患，其饮恨引退。宋亡不与元