草原本位的制度直接影响到元朝的施政方针，其始终只是将各个地方视为征服劫掠地区，而不是统治吸收地区。尤其是实行户等制，以资产划分居民等级以收赋税；又实行诸色户计按职业、信仰等划分若干种。还按人种划分成蒙古、色母、北人、南人四等。这种歧视制度使高层的蒙古诸王骄奢淫逸，拥兵自重。底层汉人生不如死，形同奴隶。
如此制度导致各族间社会流动几乎断绝，虽然以蒙古人为主导，但色目人可以充当副手。南北汉人却不行。原本汉人可以通过科举制度向上进取，可朝廷只是将将儒家当做宗教如佛道一般对待，孔子的地位虽然有所上升，但儒生地位实际上大大下降。他们被单独列籍造册，与和尚、道士一样要在专门地方居住生活，入学等同入教，甚至在一段时间还禁止世俗人成为儒生。
马绍和一些朝中大儒对此以为造成如此局面的原因还是蒙古人对于汉儒思 想的不理解，并没有像其它朝代一样‘以儒为尊’。蒙古各部原先信奉的是萨满教长生天，铁木真时期全真道长丘处机七十四岁高龄远赴西域劝说止杀为善，也造就了早期道教在元朝占据主导地位的全盛时期。
此后又有乃真后信奉佛教，随后引发佛道辩经，德胜的佛教成为蒙元
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