河得以复生。其于御河沿线诸县分别置河仓，设纲船，分春、秋两次起运，至通州和中都城通济、丰备、丰赡、广济等仓存储，岁运粮近百万石。
蒙元灭金后，忽必烈继承汗位，并开始营建大都城。在中统二年，郭守敬即上水利条陈六条，其中之一是建议引水通金代中都，东至通州的旧漕河，南向开河至杨村，但通州至大都五十里之间，水源缺乏，仍然需要陆路运输。
此后蒙元平定江南，仍依靠旧运河进行水陆转运，其路线是：由长江辗转入淮河，逆黄河而上达中滦旱站，陆运一百八十里至淇门，入御河，再船运至大都。这条隋唐以来的运河旧道，因历经变迁，久不通畅，漕运诸多不便，所以元朝政府着手陆续修凿大运河。
至元十八至二十年，由奥鲁赤主持引汶水、泗水，从济州西北到须城安山开凿一条一百五十乡里的济州河。漕路由淮河入泗水，经济州河北达安山，出大清河，经东阿、利津入海，然后由海运入直沽达大都。此后因海口淤沙壅塞，运道不通，又改由东阿陆运至临清入御河。至此，元代南北航运已大致沟通，所不通者，仅东阿和临清之间一二百里的旱路。
如果按照历史的发展，蒙元此时形成了海运、水陆和海河转运并重的办法基本