整顿江北四镇三州各级官府的问题。
马上能够打天下，但马上不能够治理天下，这一点吴宗睿很清楚。
登莱新军掌控的登州、莱州以及辽东各地的官府，诸多官吏的理念早就改变了，至少他们明白，官府必须实实在在的为老百姓做事情，解决老百姓的困难，如若不然，地方官府和他们这些官吏就是不合格的，近半年时间过去，山东各地的官府，官吏的思 想也在逐渐的改变，卢发轩曾经强力的整顿，那些鱼肉百姓、一心就想着自身利益的官吏，悉数被清除出去，这也迫使诸多的官吏做出根本性的改变。
不过在南直隶，在江北的四镇三州，改造和整顿地方官府的难度要大很多。
无他，南直隶读书人居多，士大夫家族居多，在朝中为官之人同样很多，这些势力盘根错节，有着共同的利益和在地方上的特权，他们做任何的事情，首先想到的就是自身的利益，他们甚至能够直接控制地方官府。
譬如说吴宗睿在登州、莱州、辽东和山东等地强力推行的市舶司，专门用来征收商贸赋税，这一点在江北的四镇三州，举步维艰，南直隶的士大夫家族，与商贾紧密结合，几乎成为利益共同体，很多士大夫家族之人，早就抛却了斯文，直接做生意赚钱