旨总督中原五省军务，历史上的崇祯皇帝最开始对他非常信任，委任以‘专办流贼’。
陈奇瑜起初也是不负厚望，先办湖北，连奏大捷，再剿陕西，声名大噪。
流贼连败，被迫溃逃至四川，当时洪承畴正总督三边，同样是连奏捷报，他和陈奇瑜心照不宣，共同将流贼逼往土地贫瘠的四川境内。
陈奇瑜不会放过任何机会，见流贼已溃入四川，当即传檄中原各省，严令官军协同进剿，意欲将流寇在四川彻底斩杀干净。
官军四面会集，尚存较大的流贼都被陈奇瑜和洪承畴撵到陕西，眼看着就要被全面剿灭，可就在这种紧要关头历史却再次重演，建奴忽然寇边，在京畿一带大肆抢掠。
历史上的崇祯皇帝惊慌失措，决定洪承畴前往京师一带勤王，协剿四川的兵力顿时在北面出现真空，然而陈奇瑜不愿放弃天赐良机，传檄众将，强行与流贼决战。
见陈奇瑜来势汹汹，李自成和张献忠久败于其手，都是心中惊慌且惧怕至极，居然仓皇的逃进兴安车厢峡里去了。
对于陈奇瑜来说，这可是天赐良机，因为当时尚存的流贼大头目都被困在里边，并且由于连败，流贼胁裹的难民早已溃散殆尽，几乎只剩下三万多老营兵