指摘时弊，他所批评的，许多涉及到皇帝、皇室，这是作为臣子很少有人敢讲的。陈尧佐因此获咎，被贬至潮州任通判。潮州地处岭南，宋时还是偏远蛮荒之地，文化落后，民俗鄙陋。陈尧佐到了潮州，认为最重要的事情就是使这里的民众得到开化，而要开化这里的民众，首要的工作是传播文化。于是，他筹备修建了孔子庙、韩愈祠堂，宣传学习文化的重要性，并在各地开办了一些学校，又不辞劳苦地动员民间有供给能力的家庭把孩子送到学堂读书。通过陈尧佐的努力，潮州的文化事业比以前有了很大的发展。潮州鳄鱼为害，唐代己有之。韩愈写了一篇《祭鳄鱼文》，谴责和警告鳄鱼，并限期让其离开潮州。不过甚是神奇，没有想到那些鳄鱼居然听得懂人话，看得懂汉字，鳄鱼还真的被韩愈吓住了，率其同类离开了潮州。不过到了宋朝，潮州的鳄鱼更新换代，又开始为非作歹了，而潮州的官民都以鳄鱼为神物，不敢冒犯。陈尧佐决心破除这个迷信，他组织了一批精壮之士，用强弩毒矢射杀了许多鳄鱼，而且还用铁网捕捉到了几头巨鳄。陈尧佐让人将巨鳄拖到潮州城内，当着众百姓杀之。至此，潮州鳄鱼之患得除。
陈尧佐算得上治水专家，他一生多次治水都取得了显著成绩。钱塘江潮水为患，历来的防御