身边围绕着一大批人，这些人担心李佑的光芒盖过了李承乾，会影响李承乾的前途，也就会影响到了他们这些人的前途，因此对于李佑功高盖主的表现可是有些忌惮了。
李佑的心思只是想当一个安逸的吃货，在处理跟李承乾的关系上，他很谨慎，他已经感到了一丝不安，于是就向李世民提出要前往胜州，专心处理草原上的事情。结果，李世民不同意，李承乾也极力挽留他。李佑无奈，只好留了下来。
军制改革开始后，朝廷建立了总参谋部，李靖担任的总参谋长，侯君集担任了副总参谋长，程咬金担任了训练部长，李世民的堂弟李孝恭担任了军事学院院长，李道宗担任了隶属于总参谋部的后勤部长。刘仁轨任海军部长，薛仁贵任作战部参谋一处处长。
兵部的职能发生了变化，不再直接管理部队，成为了一个协调机构。
总参谋部成立以后，唐军陆军在保留边防军以外，成立了五大行军道总管府，分别建府长安、幽州、扬州、广州和贵州，总兵力60万人。
海军得到了加强，改称大唐海军，编为北海、东海和南海舰队。内河水师划归当地各大行军道总管府管辖。
特战队战绩显赫，李世民赐名为“飞虎军”，扩编为四个