按照朝廷原定的总体战略部署，江南游击军海运南下之后，应该再等一到两月，待游击军在江南登陆并取得一定战果，猬集徐州的叛军不得不分兵回援江南之后，朝廷平叛大军再倾师南下，与游击军及福建、广东两省的兵马南北夹击，一举剿灭首尾难以兼顾的江南叛军。
这本来也是朱厚熜做出让俞大猷率江南游击军沿海路南下，命高拱出使闽粤两省，协调两省平叛的初衷所在。可是，高拱、俞大猷衔命南下不到半月，朝廷就接到江南密报，南都那帮乱臣贼子已经平息了内讧，不但徐州叛军主力没有调动；反而增加了数万强悍的南蛮异族兵士，这无疑给江南游击军的军事行动增添了莫大的困难。
汪直的船队行于海上，与朝廷音讯不通，想要调整战略部署已来不及。想到那上万名大明健卒，尤其是“一将难求”的军事奇才俞大猷，朱厚熜不禁心如刀绞，但此战关系到大明国运，胜则万世之功，败则万劫不复，他也不敢独断专行，便于嘉靖二十四年五月初七，召集内阁、五府、六部诸位文武大臣商议整军南下之事。
内阁及兵部诸位大臣们的意见还是倾向于再等一等，等江南游击军和闽粤两省兵马出动之后再倾师南下。但中军都督府左都督、英国公张茂及前军都督