、陕西等地，「往来曲折二三万里，所览书又得万餘卷」，永历十三年（清顺治十六年、1659年），至山海关，凭弔古战场，晚年，始定居陕西华阴。
康熙七年（1668年），又因莱州黄培诗案入狱，得友人李因篤等营救出狱。康熙十年（1671年），游京师，住在外甥徐乾学家中，熊赐履设宴款待炎武，邀修《明史》，炎武拒绝说：「果有此举，不為介之推逃，则為屈原之死矣！」
顾炎武后致力於学术研究，留心於经世致用之学，他「精力绝人，无他嗜好，自少至老，未尝一日废书」。
对宋明所传心性之学，深感不满，主张「著书不如抄书」。晚年侧重经学的考证，考订古音，分古韵為10部，认為「读九经自考文始，考文自知音始」。著有《日知录》、《音学五书》等，他是清代古韵学的开山祖，成果纍纍；对切韵学也有贡献，但不如对古韵学贡献多。
1678年，康熙开博学鸿儒科，招致明朝遗民，顾炎武三度致书叶方蔼，表示「耿耿此心，终始不变」，以死坚拒推荐，又说「七十老翁何所求？正欠一死！若必相逼，则以身殉之矣！」。
1679年清廷开明史馆，顾炎武以「愿以一死谢公，最下则逃之世外」回拒熊赐履。康